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晶格中的质点都以一定的作用力互相联系着，这些作用力又称为键(化学键)。由于组成矿物的质点不同，键就不同，因而矿物具有不同的结构。矿物晶格中存在着离子键、共价键和金属键。在个别情况下还存在着氢键，根据键的不同，可以将矿物晶体结构分为离子晶体、原子晶体、分子晶体和金属晶体。
金属晶体中自由电子运动于金属阳离子之间，金属阳离子与自由电子相互作用所形成的化学键，称为金属键。金属键无方向性和饱和性，堆积紧密。由金属键结合所形成的晶体成为金属晶体。金属晶体的晶格结点上分布的是金属阳离子。自然金属如自然金、自然铜属于此类晶体。
自然界中矿物晶体结构中仅有典型的单一键的情况是少数，有的晶体结构中存在过渡性键，例如金属氧化物（石英等）具有离子键、共价键的过渡性质；硫化矿物和氧化矿大数为离子键一共价键或离子键一共价键一金属键；氢氧化物和含氧盐类矿物则多数为离子键一分子键或离子键一共价键。多种元素所构成的晶体，常常同时存在几种不同的键；同一元素组成的晶体，有时也有不同的键。矿物结构不同，性质具有差异，金刚石和石墨就是典型例子。